Kungliga Akademien i Åbo instiftades år 1640 på initiativ av Per Brahe d.y. under drottning Kristinas regeringstid. Universitetet var uppbyggt kring de klassiska fyra fakulteterna: teologi, juriik, medicin och filosofi. Dess främsta uppgift var att utbilda dugliga ämbetsmän och präster för tjänstgöring i riket, med särskilt fokus på den östra rikshalvan.

Under dess tidiga decennier präglades verksamheten av strikt luthersk ortodoxi, men under 1700-talet kom upplysningens idéer och naturvetenskapen att få ett starkare fäste. En betydande gestalt i akademiens historia var naturforskaren och historikern Porthan, Henrik Gabriel, vars insatser som professor och rektor fick stor betydelse för utvecklingen av den finländska historieforskningen och kulturen.

Akademiens ursprungliga byggnader och dess omfattande bibliotek drabbades svårt vid den våldsamma stadsbranden i Åbo år 1827. Efter denna katastrof flyttades lärosätet till Helsingfors år 1828 och ombildades till Kejserliga Alexanders-Universitetet i Finland, vilket i modern tid lever vidare som Helsingfors universitet.