Sundhetskollegium inrättades under 1600-talet i Stockholm för att övervaka och förbättra hälso- och sjukvården i det svenska riket. Institutionen föregicks av äldre medicinska tillsynsfunktioner men tog under Karl XI:s regering fastare form för att möta tidens svåra farsoter och pestutbrott.

Till kollegiets centrala uppgifter hörde att kontrollera apotheken, examinera fältskärer och provinsialläkare samt utfärda föreskrifter vid epidemier. Myndigheten samlade in medicinalstatistik och samordnade karantänväsendet vid rikets gränser och hamnar, vilket var avgörande för att hejda smittor som fördes med skepp över Östersjön.

Verksamheten präglades av upplysningstidens idéer under 1700-talet, då läkarvetenskapen professionaliserades och staten tog ett större ansvar för allmogens hälsa. Genom reformer stärktes provinsialläkarets roll i landsorten, och kollegiet samarbetade nära med Kungliga Vetenskapsakademien i vetenskapliga och medicinska frågor.

År 1878 upphörde Sundhetskollegium då dess uppgifter och personal överfördes till det nybildade Medicinalstyrelsen. Institutionen lade därmed den historiska grunden för den moderna svenska hälso- och sjukvårdsförvaltningen.