Den mecklenburgska ätten har sitt ursprung som furstliga härskare i det nordtyska området Mecklenburg, där de byggde upp en stark maktbas under medeltiden. Ätten härstammar från Niklot, hövding över den slaviska folkstammen abotriterna, vars ättlingar kristnades och assimilerades med den tyska feodaladeln. Genom strategiska giftermål och politiska intriger nådde ätten toppen av sitt nordiska inflytande när hertig Albrekt av Mecklenburg den äldre gifte sig med Eufemia Eriksdotter, dotter till Erik Magnusson och syster till den svenske kungen Magnus Eriksson.

Ättens mest kände svenske medlem var sonen Albrekt av Mecklenburg, som år 1364 uppviglats av missnöjda svenska stormän, ledda av Bo Jonsson (Grip), till att avsätta Magnus Eriksson och väljas till Sveriges kung. Albrekts regeringstid präglades av ständig strid med den inhemska adeln samt den mäktiga drottning Margareta av Danmark och Norge. Den mecklenburgska regimen i Sverige mötte hårt motstånd, vilket kulminerade i Slaget vid Falköping år 1389 där kung Albrekt tillfångatogs av drottning Margaretas trupper.

Trots kung Albrekts förlust i Sverige fortsatte ätten att spela en betydande roll i Nordtyskland och behöll sina hertiguepitet i Mecklenburg i århundraden. Konflikten med Tyska orden och de nordiska länderna präglade ättens senare medeltida politik, där de bland annat använde staden Rostock och sjörövarorganisationen Vitaliebröderna som vapen i kampen mot Kalmarunionen. Ättens gren som regerade i Sverige slocknade ut i och med Albrekts död 1412, men den tyska huvudlinjen levde vidare långt därefter.