Kirsten Munk föddes som dotter till adelsmannen Ludvig Munk och Ellen Marsvin. Hennes familj tillhörde den danska högadeln, och hennes mor arrangerade tidigt förbindelser som skulle säkra familjens makt och inflytande.

År 1615 ingick Kirsten Munk ett hemligt äktenskap med kung Christian IV av Danmark och Norge. Eftersom hon inte var av kunglig börd titulerades hon inledningsvis grevinnan av Schleswig-Holstein, och äktenskapet betraktades länge som morganatiskt.

Tillsammans med kungen fick hon ett stort antal barn, varav flera överlevde till vuxen ålder och senare ingick betydelsefulla äktenskap inom den europeiska adeln. Hennes familjekrets kom därmed att spela en central roll i den danska dynastiska politiken under tidigt 1600-tal.

Relationen med kungen försämrades dock drastiskt efter hand, inte minst på grund av konflikter kring ekonomiska privilegier och egendomar samt Kirstens förhållande med den tyske adelsmannen Otto Ludwig von Salm. År 1630 bröt kungen slutligen med henne och förvisade henne från hovet.

Efter skilsmässan och förvisningen drog sig Kirsten Munk tillbaka till sina gods, särskilt i Jylland, där hon ägnade sig åt att förvalta och utöka sina egendomar. Hon fortsatte att vara en inflytelserik men kontroversiell gestalt i den danska politiska sfären fram till sin död.

Hennes liv präglades av den tidens strikta sociala hierarkier och de politiska intriger som präglade det danska hovet under Christian IVs regeringstid. Hennes ättlingar kom senare att spela viktiga roller i både dansk och europeisk historia.